آیتالله فاضل لنکرانی در واکنش به پیام امام خامنهای (مدظله‌العالی) پیرامون صدسالگی حوزه علمیه قم این پیام تاریخی را نقشه راهی برای تمدن نوین اسلامی توصیف کرد.
وی با اشاره به تعبیر "بلاغ مبین" آن را شاهبیت این پیام دانست.
آیتالله فاضل لنکرانی تاکید کرد صدور چنین پیام بی‌سابقه و راهبردی تنها از رهبر انقلاب امکان‌پذیر بود. وی با بیان اینکه حوزه باید در جایگاه مهاجم فرهنگی قرار گیرد بر لزوم طراحی نظامات اسلامی توسط حوزه تاکید کرد.
به گفته ایشان وظیفه اصلی روحانیت رساندن پیام دین به شکلی شفاف و قاطع به مردم است. وی تمدن اسلامی را هدف غایی انقلاب اسلامی خواند و بر نقش فقه در تمدن‌سازی تاکید نمود.