به گفته رئیس اندیشگاه بیانیه گام دوم انقلاب حوزه علمیه قم و منشور روحانیت دو رکن مکمل در مسیر پیشرفت و تعالی هستند.
پیام اخیر رهبر انقلاب به مناسبت یکصدمین سالگرد تاسیس مجدد حوزه علمیه قم افق‌های جدیدی را در نقش حوزه‌های علمیه در عصر حاضر ترسیم می‌کند و نگاهی تمدن‌ساز به این نهاد دارد.
این پیام در امتداد منشور روحانیت امام خمینی (ره) قرار دارد و نباید اهمیت منشور روحانیت به فراموشی سپرده شود. نخبگان حوزوی و طلاب جوان باید هر دو این متون را با دقت مورد مطالعه قرار دهند.
حوزه علمیه مطلوب حوزه‌ای است که ویژگی‌های زیر را دارا باشد:
نوآور و پویا
پاسخگو به مسائل جدید جامعه
دارای هویت انقلابی و روحیه‌ی جهادی و خودسازی
توانمند در طراحی نظام‌های اجتماعی جدید
برای رسیدن به این اهداف لازم است:
گفت‌وگوهای فکری گسترده‌ای صورت گیرد.
مشارکت فعال طلاب در عرصه‌های مختلف افزایش یابد.
همکاری با دانشگاه‌ها و فعالان اجرایی تقویت شود.